स्वाधिष्ठान चक्र लिंगस्थानाजवळ असते. याचा रंग नारिंगी आहे. हे चक्र जल तत्त्वाचे कारक आहे. प्रवाहिता हा याचा सूक्ष्म गुणधर्म आहे. या चक्रामुळे शरीरातील प्रजननसंस्था कार्यरत राहते. या चक्राचे मूलाधार चक्रावर आधिपत्य असते. आपल्या शरीरातील शुक्र, रक्त, लाळ, मूत्र व स्वेद हे जल तत्त्वाच्या अधीन आहेत. प्रत्येक व्यक्तीतील ‘स्व’चे अधिष्ठान येथे असते. स्वाधिष्ठान चक्र हे कामभावनेच्या स्फूर्तीचे केंद्र आहे. नवनिर्मितीचे कार्य स्वाधिष्ठान चक्राच्या आधिपत्याखाली येते. मानसिक विकासासाठी हे महत्त्वपूर्ण चक्र आहे. ज्याचे स्वाधिष्ठान चक्र सक्षम असते, ती व्यक्ती मनमिळाऊ, प्रेमळ व कल्पक असते.