ज्या वेळी सहस्रार चक्राच्या कार्यकारिणीमध्ये दोष उत्पन्न होतात, तेव्हा मेंदू व पिनियल ग्रंथींशी संबंधित शारीरिक व्याधी उद्भवू शकतात. तसेच, असमाधानी वृत्ती व मनःशांतीचा अभाव अशा मानसिक व्याधी उद्भवू शकतात. साधारणतः सर्वच रोगांमध्ये एकापेक्षा जास्त चक्रे बाधित झालेली असतात. स्वयंपूर्ण उपचारांद्वारे एकाच वेळी सर्व चक्रांवर तसेच संपूर्ण सूक्ष्म देहावर उपचार केले जातात. त्यामुळे एकाच वेळी अनेक रोग बरे होऊ शकतात. बरे होण्यास लागणारा कालावधी हा रोगाच्या जटिलतेवर, रुग्णाच्या ग्रहणशीलतेवर व उपचारांमधील सातत्यावर अवलंबून असतो.