आज्ञा चक्र मेरुदंडावर भ्रूमध्यावर असून पुढे व मागे या चक्राचे मुख असते. हे चक्र आभामंडलामधील ऊर्जेवर प्रक्रिया करून महत्तत्त्व शरीरास पुरविते. महत्तत्त्व म्हणजे पुरुष आणि प्रकृती, शिव आणि पार्वती, शरीर आणि मन, धन आणि ऋण प्रभार. उजवीकडून धन तर डावीकडून ऋण ऊर्जा प्रवाहित होते. या प्रवाहामुळे प्रत्येक तत्त्वास महत्ता प्राप्त होते, त्यामध्ये कार्यकारणभाव निर्माण होतो. मेंदूकडून हा प्रवाह नियंत्रित होतो.

आज्ञा चक्र हे शरीरातील विचारचक्र आहे. याचा रंग पारवा (जांभळट पांढरा) आहे. जाणीव हा याचा सूक्ष्म गुणधर्म आहे. आज्ञा चक्रामुळे ज्ञानेंद्रियांकडून आलेल्या संदेशांतून शब्द, स्पर्श, रूप, रस, गंध यांचे मेंदूला आकलन होते व शरीरातील वेगवेगळ्या कार्यप्रणाली व हार्मोन्सना उत्तेजना मिळते. ज्याचे आज्ञा चक्र सक्षम असते ती व्यक्ती दृढ निश्चयी, कणखर, ठरविलेल्या गोष्टी तडीस नेणारी असते.आज्ञा चक्र कमकुवत झाल्यास, शरीराला महत्त्व कमी पडू लागते. ज्यामुळे मेंदू व ज्ञानेंद्रियांची अकार्यक्षमता, जाणिवा कमी होणे, गतिमंदत्व, निरीच्छ होणे इत्यादी समस्या उद्भवतात. तर आज्ञा चक्र अतिसक्रिय झाल्यास मेंदू व ज्ञानेंद्रिये अतिसक्रिय होतात. तीव्र जाणिवा, हायपरअॅक्टिवनेस अशा व्याधी उद्भवू शकतात.